A kisebb petefészek ciszták legtöbbször tünetmentesek, semmilyen panaszt nem okoznak, és csak a nőgyógyászati szűrővizsgálat, vagy egyéb okból elvégzett ultrahang vizsgálat során kerülnek felismerésre. A nagyobb ciszták feszülést, a környező szervek nyomását, ezáltal fájdalmat okozhatnak. Az alhasi fájdalom fokozódhat mozgásra, jelentkezhet közösülés közben. Szintén előfordulhat vérzészavar , melyet a tömlő hormontartalma okozhat. A fájdalom mértéke nem feltétlenül arányos a ciszta nagyságával. Időnként a ciszták megnagyobbodnak, bevérzések keletkezhetnek bennük, esetleg a tömlő megcsavarodik. Ez utóbbi akár igen heves, késszúrásszerű fájdalmat okozhat.