A Crohn betegség az immunrendszer betegsége, az immunrendszer nem tud különbséget tenni a test saját-jó anyagai és az idegen anyagok között. Túlzott immunválasz alakul ki, ami krónikus gyulladáshoz vezet. A Crohn betegséggel összefüggő gyulladás leggyakrabban a vékonybél végső szakaszán alakul ki közel a vastagbélhez való kapcsolódáshoz (elméletileg a bélrendszer bármely szakaszán kialakulhat). A krónikus gyulladás a bél falának megvastagodásához vezet. Bármely életkorban előfordulhat, leggyakoribb 15 és 35 éves kor között.