Autoimmunitásnak nevezzük azt a jelenséget, amikor az immunrendszer a szervezet saját alkotóelemeit „idegen testnek” érzékeli, és elpusztításukra törekszik. Az elpusztítandó alkotóelemek (antigének) általában fehérjék vagy poliszacharidok, melyek a sejtek felszínén vagy annak belsejében találhatók. Az immunreakció során gyulladás alakul ki az érintett szövetben, és idővel a fehérjét szintetizáló sejtek, illetve a sejtek által alkotott szövet is károsodhat, végső esetben el is pusztulhat. Az autoimmun betegség gyűjtőfogalom, amelybe különböző betegségek tartoznak, a fenti reakció azonban mindegyikre jellemző.